الفترة الانتقالية الثانية والهكسوس في حوالي 1650 ق.م، ومع ضعف سلطة فراعنة الدولة الوسطى، سيطر المهاجرين
والمستوطنين الآسيويين الذين يعيشون في منطقة شرق الدلتا في بلدة زوان على المنطقة
وأجبرت الحكومة المركزية على التراجع إلى طيبة، حيث كان يعامل الفرعون كتابع ويدفع
الجزية.[38] قلد الهكسوس ("الحكام الأجانب" أو "الملوك الرعاة") نماذج الحكم والحكومة
المصرية، فنصبوا أنفسهم فراعنة، وبالتالي دمجت العناصر المصرية في ثقافة العصر
البرونزي.[39]
وجد ملوك طيبة أنفسهم بعد انسحابهم محاصرين بين الهكسوس من الشمال وحليفة الهكسوس،
مملكة كوش من الجنوب. وبعد مرور ما يقارب 100 عام على سيطرة الهكسوس على الحكم
الذي كان يتصف بالتراخي والخمول الثقافي، استطاعت قوات طيبة من جمع ما يكفي من القوة
لتحدي الهكسوس لصراع استمر لمدة 30 عام، وذلك قبل حلول العام 1555 ق.م[38] وقد
تمكن الفرعونان سقنن رع الثاني وكامس من هزيمة النوبيين في الكوش، لكن يرجع فضل
القضاء على الهكسوس نهائياً في مصر لخليفة كامس الفرعون أحمس الأول. في عصر الدولة
الحديثة التي تلت ذلك، أصبحت العسكرية أولوية رئيسية بالنسبة إلى الفراعنة الذين سعوا إلى
توسيع لحدود مصر وتأمين هيمنة كاملة لها في الشرق